冻胚是放入零下196度的液氮中保存的胚胎，只有质量好的胚胎才能进冷冻，但是冷冻、解冻、复苏的过程中，可能会因种种因素而使质量受损，而囊胚是在鲜胚中选择质量比较好的胚胎进过囊胚培养技术后得到的，所以试管婴儿中，冻胚和囊胚的质量都是比较好的，但若是要进行对比的话，囊胚的质量可能会比冻胚要好一些，移植后着床的成功率也就会比较高。

冻胚将胚胎进行特殊处理后，和冷冻液装入冷冻管中，经过降温使胚胎静止下来，以使其保持其活性以及避免在冷冻过程中出现晶体，然后就可以将其放入-196度的液氮中进行保存了。一般情况下，能够进行冷冻保存的胚胎，其本身的质量是比较好的，但是在冷冻、解冻、复苏的过程中，可能会因医院的操作技术不佳、实验室环境不适宜或者是解冻复苏过程中有出现异常等种种因素，都会引起冷冻质量受损。

而囊胚是在取卵后三天得到的鲜胚的基础上，选择质量好的，即鲜胚质量在三级及以上的胚胎，在类似于子宫内膜环境的实验室中再培养2-3天后得到的胚胎，而且养囊本身是一个自然选择的过程，所以能够养囊成功的胚胎，其发育潜能都是比较好的，质量也就是比较好的，所以囊胚的质量是比较好的。

试管婴儿当中冻胚和囊胚本身就是一种质量好的胚胎，但是由于冻胚会搜多方面因素的影响，而使得其质量受到损伤，所以若是两则进行对比的话，冻胚的质量可能会稍稍低于囊胚的质量，当然这也不是一定的。