男性Y染色体c区缺失但有精子存在是正常的，因为如果是c区缺失的话，是可以有精子的，c区缺失比较常见的是少精子症。据了解，c区缺失属于Y染色体异常，这是先天疾病，无法治疗，一旦出现会影响男性生育能力。而Y染色体异常包括a、b、c、d区的缺失，如果是a、b区缺失睾丸中无精子生成，找到精子概率比较低，不建议显微取精，这种情况建议建议供精或领养；如果是c区缺失说明睾丸中可能存在精子，可以通过显微取精方式寻找精子。

c区缺失一般是因为睾丸发育不良所引起的，因为身体中没有精子因子，从而影响了身体中精子的形成，通常情况下会导致出现不孕不育，也有可能会出现无精的情况。对于c区缺失取精有以下几点需要注意的：

1. 1. 目前c区缺失使用显微睾丸取精术仍处于发展阶段，在国内，绝大部分医院的医生会建议这类患者选择“供精”；
2. 2. 如果想要做试管的话，建议女方到先到生殖中心检查制定促排卵方案，男方检查性激素，中西药调整睾丸营养，可以通过纤维取精部分患者找到精子，在女方取卵当天或者前一天取精，通过做试管婴儿生育自己的孩子；
3. 3. y染色体c区缺失具有遗传性，可能会定向遗传给下一代男孩，所以建议这类患者做三代试管助孕。
4. 4. 如果患者出现Y染色体c区缺失，尝试显微取精后，部分患者精液中可能存在少量精子，此时取精成功率可以达到50%-60%，但找到的精子数量较少，因人而异，通常存在一定比例。并且，这种染色体缺失一般是孩子在发育过程中出现的基因突变造成的，是没有办法接受治疗的。

c区缺失有精子属于正常的，但是c区缺失本身是不正常的，它伴随一些遗传病，很多时候不能自然怀孕，只能通过第三代试管婴儿助孕，从而可以达到优生优育的目的。