台湾属于中国境内，而在中国境内做试管是不允许进行非医学必要的胎儿性别选择，所以台湾能否做三代试管婴儿选男女性别需要就看试管夫妻是否患有伴性遗传性疾病，若是患有此类疾病，则可以选择男女性别，否则就不能够进行男女性别的选择。当然若是在有胎儿性别需求的试管家庭，可以选择去美国、泰国、俄罗斯等国家利用三代试管进行基因筛查，以实现生男生女的愿望。

众所周知，三代试管婴儿技术在移植囊胚前，实验室人员会去囊胚的遗传物质进行筛查与诊断，期间就能够得知胚胎所携带的性染色体为“xy”还是“xx”，也就能够判断胚胎的男女性别，从而做三代试管就是可以选择男女性别的。但要知道的是，在国内做试管婴儿技术除了含有伴性遗传性疾病疾病如传男不传女或者是穿女不传男疾病的家庭外，其余家庭是不能够进行胎儿性别选择的。

而台湾就是祖国美丽富饶的宝岛，属于中国，所以在台湾利用三代试管婴儿技术进行助孕的时候还是需要遵循相应的条件，因此对于选择在台湾做三代试管婴儿的不孕不育家庭来说，若是患有伴性遗传性疾病，如白化病、半乳糖血症、先天性聋哑、唇裂、腭裂等疾病的患者，在台湾乃至国内任何一个城市的试管医院做三代试管都是可以选择胎儿男女性别的，反之就不能够选择胎儿性别。

三代试管技术是可以选择胎儿男女性别的，但是在台湾乃至整个中国来说，做三代试管试管婴儿的时候是不允许进行进行非医学必要的胎儿性别选择。