三代试管医生是知道胚胎性别的，主要是通过PGS技术、FISH技术、ACGH技术知道胚胎性别的，但是我国是禁止随意查看的。三代试管主要是进行某些遗传病和染色病的检查，将可能患有遗传性疾病、染色体异常的囊胚筛查出来，再对没有遗传病、没有染色体疾病的囊胚进行优质选择，之后移植到到宫腔内生长发育，获得健康的胎儿，从而提高胎儿出生后的生活质量。

第三代试管医生是知道胎儿性别的，要知道，三代试管也叫胚胎移植前遗传诊断，如果父母中的其中一方具有性选择的遗传病，并且不希望把遗传病传给后一代，就需要对要移植的胚胎进行性别选择，把不会遗传疾病的正常的胚胎放到子宫里边，主要依靠的是以下几种方法：

1. 1. PGS技术：PGS技术在胚胎移植前可以对处于囊胚期的胚胎进行染色体数目和结构异常的筛查，分析胚胎是否有染色体方面的疾病，同时也可以检测出胚胎的染色体是XX型还是XY型，分辨胚胎男女；
2. 2. FISH技术：荧光原位杂交，用于评估染色体异常数值，能对13综合症、18爱德华综合症、21唐氏综合症、X杜氏肌营养不良症、Y急性髓性系白血病这5种染色体进行准确评估，也可以知道胚胎的性别；
3. 3. ACGH技术：比较基因组杂交技术，可以筛查人体全部染色体，在检查染色体方面比PGD技术更为全面、准确。

国内正规试管医院的三代试管医生知道胎儿性别的方法主要有以上三种，但是我国是禁止查看胚胎性别的，他们知道胚胎的性别是为了更好的畸形染色体疾病的筛查，并不主要是为了知道胚胎的性别。