两者的区别主要在于对卵巢的刺激上和可供提取的卵子数量上。短方案促排效果存在较大的不确定性、促排后可供提取的卵子数量少；拮抗剂方案卵巢刺激小，并且可以提供多个卵子进行提取。这样就大大的增加了试管成功几率。

两者适用人群区别：

短方案：该方案适用于年龄大、卵巢功能不良的患者。

拮抗剂方案：主要适用人群与短方案相同，但是比起其他方案格外适合多囊卵巢综合症的患者，这是因为抗结剂方案可以在很大程度上减少多囊卵巢综合症患者出现卵巢过度刺激的风险。

短方案与拮抗剂方案具体操作不同：

短方案会从月经第2天开始注射促排药物，在排卵期前停药，在卵子发育即将成熟时，使用HGG进行破卵，并且在36小时内安排取卵手术并进行移植；

拮抗剂方案是从月经的第6天或者卵泡达到14mm再开始注射拮抗剂一直到破卵前，再使用HGG破卵，36小时安排取卵。

两者选择的药物是不同的，并且短方案在促排过程中依靠自身分泌的激素促进卵子发育，而拮抗剂方案则是从一开始就补充外源激素刺激卵子发育。