胎儿6号染色体微缺失的原因通常与遗传因素、环境因素，或者是胚胎自身因素是有一定的关系的。一般情况来讲，首先就需要检查父母的染色体，若是父母存在6号染色体微缺失，那么胎儿遗传到的概率就是非常大的，反之就是环境因素，或者是胚胎自身因素导致。这部分6号染色体微缺失的胎儿，发生流产、胎停的概率是非常之大的，就算是有幸能够存活下来，胎儿患上遗传性血色素沉着病、帕金森病、癫痫等疾病的概率也是非常之大的。

胎儿1号染色体和6号平衡易位属于染色体异常疾病之一，就目前的医疗技术来讲，是没有办法解决的。染色体发生平衡易位这种情况，虽然大部分不存在遗传物质的增加或者减少，也就不会引起明显的临床表型，但是也有极个别可能导致基因的功能破坏，从而引起一些严重的临床表现，如先天性心脏病、新生儿糖尿病等等。当然所说无法避免，但是我们可以提前预防。

胎儿6号染色体短臂片段重复可能是遗传导致，也有可能是化学物质、病毒感染、辐射等外界方面影响胚胎细胞正常的分裂而导致。要知道，无论是哪一因素导致胎儿6号染色体短臂片段重复，都是有可能会导致胎儿流产、胎停育，或是患病的如可能会导致胎儿短臂、遗传性血色素沉着病、帕金森氏症、癫痫等疾病发生，对于胎儿健康是非常不利的，从优生优育的角度来讲的话，还是建议夫妻及时引产的好。