两者的区别主要在于对卵巢的刺激上和可供提取的卵子数量上。短方案促排效果存在较大的不确定性、促排后可供提取的卵子数量少；拮抗剂方案卵巢刺激小，并且可以提供多个卵子进行提取。这样就大大的增加了试管成功几率。

自然周期在移植前，单性激素六项达标还不行，还需要检测卵泡发育情况、子宫内膜厚度和身体里的孕酮含量。只有这4项检查全部过关，才能够做移植，保证胚胎在宫腔内正常着床，正常生长发育。如果其中有一项检查不达标，就必须延后移植时间，采取相应的治疗措施来治疗。但也无需担心移植失败，因为自然周期基本不使用药物促排，接近自然受孕，失败后可以直接又进行移植，不会对身体造成伤害。