上海儿童医学中心医院拥有31个临床科室，规划床位规模1500张，实际开放788张，是我国儿童先心病、血液/肿瘤和发育行为儿科领域最高水平的中心之一，拥有6个国家重点学科、国家临床重点专科，设有国家卫健委儿童血液肿瘤重点实验室、上海市临床分子诊断重点实验室、上海市罕见病临床研究中心、上海市小儿心血管病研究所等一批省部级重点实验室、研究所及上海交通大学儿童医学中心儿科临床医学院。目前该院暂未开展人工授精、夫精人工授精技术、供精人工授精技术、常规体外受精-胚胎移植技术、卵胞浆内单精子显微注射技、植入前胚胎遗传学诊断技术等辅助生殖技术，也不能提丶精子库捐精、供精人工授精、卵子库供卵等助孕服务。

医院与十多个国家的三十多个国际顶尖医疗机构建立了姐妹合作关系，分别组建了8个国际联合实验室/中心/基地。2010年成为国内首家通过JCI国际医院认证的儿童专科医院； 2018年问鼎上海市政府质量金奖；先后以第一单位（或第一合作单位）获得国家科技进步奖8项（占全国儿童医院获奖总数一半以上）；于2017年起蝉联全国文明单位称号。