上海市儿童医院是一所集医疗、保健、教学、科研、康复于一体的三级甲等儿童医院，拥有泸定路和北京西路两个院区，为长三角地区儿童医疗联盟和上海市西部儿联体牵头单位。医院核定床位700张，现有员工1600余人。2021年度门急诊量238.6万人次，年住院病人5.1万人次，住院手术量2.22万台次。目前该院暂未开展人工授精、夫精人工授精技术、供精人工授精技术、常规体外受精-胚胎移植技术、卵胞浆内单精子显微注射技、植入前胚胎遗传学诊断技术等辅助生殖技术，也不能提丶精子库捐精、供精人工授精、卵子库供卵等助孕服务。

医院学科综合实力雄厚，目前共设38个院级学科，并拥有一批高质量的国家级和省部级学科，包括国家重点学科1个（遗传学），国家临床重点专科2个（重症医学和医学胚胎分子生物学重点实验），卫生部及上海市重点实验室1个（重症医学和医学胚胎分子生物学重点实验），上海市工程技术研究中心1个（上海市儿童精准医学大数据工程技术研究中心），上海市卫健委重中之重临床重点学科1个（医学遗传学）、上海市临床重点专科3个（出生缺陷防治、即时检测、临床药学），上海市公共卫生重点学科1个（儿保科），上海交通大学医学院地方高水平大学的建设项目1项（儿童感染免疫与重症医学研究院）。