南京市中医院是一所集医疗、预防、科研、教学、保健、康复为一体和设备先进、技术雄厚、专科齐全、管理有序的三级甲等综合性中医医院。目前该院暂未开展人工授精、夫精人工授精技术、供精人工授精技术、常规体外受精-胚胎移植技术、卵胞浆内单精子显微注射技、植入前胚胎遗传学诊断技术等辅助生殖技术，也不能提丶精子库捐精、供精人工授精、卵子库供卵等助孕服务。

医院临床科室设置齐全，重点科室技术特色显著，现有国家级重点专科及学科2个：全国肛肠医疗中心、脑科；国家级重点专病1个：妇科的更年期综合征；省级重点中医专科6个：肛肠科、骨伤科、针灸科、脑血管病科、妇科、肿瘤科；市级重点中医专科7个：老年科、养生康复中心、急诊科、消化科、肿瘤科、肾脏科、心脏科、内分泌科，医院并设有中医药研究所和结直肠病研究所。