南通市中医院始建于1956年，是首批“三级甲等中医院”和“全国示范中医院”之一，科室设置齐全，人才济济，设备先进，专科特色显著。共有一级临床科室21个，医技科室6个，二级临床科室12个，病区15个，编制床位800张。医院现有职工1227人，目前该院暂未开展人工授精、夫精人工授精技术、供精人工授精技术、常规体外受精-胚胎移植技术、卵胞浆内单精子显微注射技、植入前胚胎遗传学诊断技术等辅助生殖技术，也不能提丶精子库捐精、供精人工授精、卵子库供卵等助孕服务。

医院目前拥有名医工作室5个，分别是国医大师朱良春学术经验传承研究室、邵荣世全国名老中医药专家传承工作室、周光江苏省名老中医药专家传承工作室、倪毓生江苏省名老中医药专家传承工作室、瞿伟江苏省名老中医药专家传承工作室。