扬州市中医院是一所集医疗、教学、科研、预防、保健、康复、文化宣教于一体的国家三级甲等中医医院，是南京中医药大学附属医院、扬州大学临床中医学院，国家首批中医住院医师、全科医师规范化培训基地，长春中医药大学实践教学基地。目前该院暂未开展人工授精、夫精人工授精技术、供精人工授精技术、常规体外受精-胚胎移植技术、卵胞浆内单精子显微注射技、植入前胚胎遗传学诊断技术等辅助生殖技术，也不能提丶精子库捐精、供精人工授精、卵子库供卵等助孕服务。

医院设有扬州市名医馆及急诊、内、外、妇、儿、骨伤、针灸、肿瘤等一级临床科室32个，心病科、脑病科等二级专科20个，常年开放专科专病门诊91个。其中，肿瘤科是国家临床重点专科、国家中医药管理局重点专科、省中医药重点学科、扬州市“科教兴卫”工程医学重点学科；骨伤科、脑病科、肺病科、脾胃病科是省级中医重点专科；肾病科、泌尿外科、针灸科、心病科、耳鼻喉科是市级重点专科；中医肺病学、针灸学、中医脾胃病学、中医脑病学为市级中医药重点学科。