安徽省儿童医院隶属安徽省卫生健康委，是集医疗、教学、科研、预防、保健、康复为一体三级甲等儿童专科医院，望江路院区占地面积57亩，医疗用房面积6.4万平方米。深圳路院区占地271亩，一期建筑面积19万平方米，三里庵院区建筑面积6千平方米。目前医院暂未开展人工授精、夫精人工授精技术、供精人工授精技术、常规体外受精-胚胎移植技术、卵胞浆内单精子显微注射技、植入前胚胎遗传学诊断技术等辅助生殖技术，也不能提丶精子库捐精、供精人工授精、卵子库供卵等助孕服务。

设置42个临床医技科室（其中34个临床科室、8个医技科室），设妇女儿童医疗中心（妇产科/妇科、生殖保健、计划生育专业、优生学专业、生殖健康与不育症专业、青少年妇科）等7个多学科平台中心。现有国家级新生儿保健特色专科、7个省级临床重点（培育）专科：儿童骨科、新生儿科、儿童心胸外科、儿童康复医学科、儿童肾内科、重症医学科（PICU）、儿童神经内科。