皖南医学院第二附属医院始建于1949年，是一所集医疗、教学、科研、预防、保健、康复多功能于一体的公立三级甲等综合医院。设有21个职能科室、52个临床医技科室、1个临床学院、20个教研室（组）、1个基础实验室、1个临床技能培训中心，目前医院暂未开展人工授精、夫精人工授精技术、供精人工授精技术、常规体外受精-胚胎移植技术、卵胞浆内单精子显微注射技、植入前胚胎遗传学诊断技术等辅助生殖技术，也不能提丶精子库捐精、供精人工授精、卵子库供卵等助孕服务。

医院建立了较为完备的学科专业体系，拥有一批享有较高声誉的重点学科、特色专科。心血管内科获批安徽省临床重点专科；泌尿外科、心血管内科获批安徽省“十三五”医疗卫生重点培育专科；皮肤性病科为皖南医学院第三批重点扶持学科、国家级皮肤医疗美容示范基地；心血管内科、泌尿外科、皮肤性病科、神经内科、检验科为医院第一周期、第二周期重点（扶持）学科，内分泌科为医院第一周期重点扶持学科，检验科、普外科、呼吸内科为医院第二周期重点扶持学科。