晋江中医院是一所中医特色浓厚，融医疗、教学、科研、康复、预防保健和中医药文化传播为一体的综合性中医医院，传统现代交相辉映，学科齐全、设备先进、环境优美的国家“三级甲等”综合性中医医院，是福建中医药大学非直属附属医院、全国中医药文化建设先进单位，福建省级文明单位。目前医院暂未开展人工授精、夫精人工授精技术、供精人工授精技术、常规体外受精-胚胎移植技术、卵胞浆内单精子显微注射技、植入前胚胎遗传学诊断技术等辅助生殖技术，也不能提丶精子库捐精、供精人工授精、卵子库供卵等助孕服务。

设急诊医学部、门诊部、住院部。共设31临床科室、13个病区，设有脾胃病科、心病科、肺病科、内分泌科、脑病科、普外科、泌尿外科、妇产科、儿科、麻醉科、骨伤科、针灸推拿科、肛肠科、眼、耳鼻喉科、治未病科等临床科室，并设有药学部、手术室、检验科、病理科、放射科、超声医学科、功能检查科、腔镜中心、导管室、消毒供应室、营养室、输血科等医技辅助功能科室。