莆田市儿童医院是莆田市唯一的一家儿童专科医院，设备齐全，技术力量雄厚，是福建省儿童救护中心莆田市分中心，2013年12月与莆田市妇幼保健院、圣路加妇产医院共同成立为莆田市妇女儿童医疗保健管理中心。现开设有急诊科、小儿神经康复科、儿内一科、儿内二科、PICU、新生儿科/NICU、小儿外科、手术室、麻醉科、儿童眼科、儿童耳鼻喉科、儿童口腔科、皮肤科等临床科室，担负着全市儿童医疗、保健、急救、科研、教学等工作。目前该院暂未开展人工授精、夫精人工授精技术、供精人工授精技术、常规体外受精-胚胎移植技术、卵胞浆内单精子显微注射技、植入前胚胎遗传学诊断技术等辅助生殖技术，也不能提丶精子库捐精、供精人工授精、卵子库供卵等助孕服务。

莆田市儿童医院现编制床位230床，开放床位280床，现有医护人员266人，其中主任医师11人，副主任6人；护理人员191人 ，主任护师1人，副主任护师8人。整个医疗及护理水平在莆田市处于领先地位。每年门急诊约45万人次，平均每日门急诊量约1200人次，每年住院约1.4万人次，门诊人均费用约100元，住院人均费用约3700元，药品比例约21%左右，医疗费用、药品比例均低于市卫计委设定标准，深受莆田市人民的表扬及信赖。