菏泽市立医院是一个有着光荣革命传统的医院。历经75年的发展，市立医院已成为菏泽市集医疗、教学、科研、急救、预防、保健和技术指导于一体的综合性三级甲等医院，担负着菏泽市七县二区一千万人民及邻近省、市部分群众的医疗保健任务。目前该院暂未开展人工授精、夫精人工授精技术、供精人工授精技术、常规体外受精-胚胎移植技术、卵胞浆内单精子显微注射技、植入前胚胎遗传学诊断技术等辅助生殖技术，也不能提丶精子库捐精、供精人工授精、卵子库供卵等助孕服务。

医院现设有37个临床科室，55个病区，61个护理单元，22个医技科室。其中风湿免疫科和血液内科为山东省临床重点专科，神经外科和消化内科为省级医药卫生重点学科，21个专业为市级重点专科。口腔科是国家“微笑列车”项目定点科室。