医院前身为合肥基督医院，始建于1898年，历经风雨洗礼，已发展成为一所设备先进、专科齐全、技术力量雄厚，集医疗、教学、科研、预防、保健、康复、急救为一体的省级大型三级甲等综合性医院，位居复旦大学医院排行榜第79名。目前由中国科学技术大学与安徽省卫生健康委员会双重管理，以中国科学技术大学管理为主。

医院由总院(院本部)、南区(安徽省脑科医院、安徽省心血管病医院)、西区(安徽省肿瘤医院)、感染病院(合肥市传染病医院)和生殖与遗传分院组成，正在建设老年医学康复中心和北城医院。目前总占地面积(含规划面积)1158亩，总建成面积68.65万平方米，总在建面积(不含规划建筑面积)51.43万平方米。总编制床位2200张，开放床位5450张，设有61个临床医技科室。2019年门急诊总量508.94万人次，出院28.1万人次，手术12.32万台次。2009年始组建“区域医疗中心协同医疗战略网”，迄今已与省内外69家县市医院建立战略协同关系。全面托管长丰县人民医院建立省县医疗共同体，托管包河区望湖城社区医疗服务中心建立社区医疗共同体。

医院现有在职职工7076人，其中高级职称1013人。全职引进欧洲移植协会主席Nashan教授。有特聘院士6人、国家级人才称号11人次、国务院及省政府津贴专家115人次、“江淮名医”49人次、省级人才称号4人、省学术技术带头人47人及后备人选61人次，一级主任医师24人。

医院现有国家临床重点专科建设项目6个，省“十二五”临床重点专科17个及培育专科9个;安徽省“115”产业创新团队5支。移植技术、微创技术、介入技术、危急重症救治技术、细胞移植和治疗技术等关键技术在多个学科篷勃开展。入围国家疑难病症诊治能力提升工程项目2项，是国家“示范高级卒中中心”和“中国胸痛中心”。脐带血干细胞移植技术进入国际先进行列，是目前全球脐血移植病例数最多的中心;癫痫及帕金森氏病外科治疗等功能神经外科、肝脏移植术、精准肝切除术、腹腔镜肝胆手术、侧卧位下直接前方入路髋关节置换技术(LDAA)等技术国内领先。糖尿病领域的研究和治疗获中华医学会糖尿病学分会最高学术奖项—“科学贡献奖”。心血管内科CRT技术例数连续位列全国第一。

医院是中国科学技术大学临床医学院;是天津医科大学博士生联合培养点、山东大学安徽省医学研究生培养基地、安徽医科大学附属医院、皖南医学院教学医院、河南新乡医学院硕士生联合教学基地。有全省医院首个安徽省博士后工作站，硕士和博士生带教点53个，博士生和硕士生导师247人。入选首批国家临床教学培训示范中心，拥有国家住院医师规范化培训基地科室34个，首批全国神经外科、心血管病学专科医师规范化培训基地，国家卫计委四级妇科内镜手术培训基地，安徽省首批脑卒中筛查与防治基地，安徽省首个国家医师资格考试实践技能考试与考官培训基地、安徽省首批专业技术人员继续教育基地，安徽省首批全科医师师资培训基地，安徽省首家脑胶质瘤诊疗中心、美国心脏协会心血管急救培训基地。

医院坚持科教兴院。着力实施“科研攀登计划”，现具备国家干细胞临床研究机构资质和风湿、内分泌、呼吸、中医肿瘤等15个专业国家药物临床试验资格，有院士实验室5个、省级研究所3个、省临床医学研究中心4个、省级医疗质量控制中心23个、省级重点实验室3个，和中国科学技术大学共建“肿瘤免疫治疗研究中心”、“脑衰老与脑疾病联合研究中心”、“血液与细胞治疗研究所”和“生殖与发育研究所”。近十年共承担各类科研项目900余项，其中国家自然科学基金100余项;获得省部级以上科技奖励80余项，其中安徽省科技进步一等奖2项。主办《立体定向和功能性神经外科》、《中国临床保健杂志》、《临床输血与检验》、《实用防盲技术》等专业杂志。

经过全院职工辛勤努力，医院发展硕果累累，2018年入选复旦大学全国百强医院排行榜，先后获“全国文明单位” “全国卫生系统先进集体”、“全国百姓放心示范医院”、“全国百佳医院”、“第三届全国医院(卫生)文化建设先进单位”、“全国创先争优先进基层党组织”等80余项集体荣誉，100多人次获“中国医师奖”、“全国卫生计生系统先进个人”等国家级、省级荣誉称号。

医院以党的十九大精神为指引，围绕中国科学技术大学“双一流”建设目标，以“科大新医学”为导向，在中国科学技术大学和安徽省卫生健康委员会的共同领导下，深化落实综合医改政策，朝着创建国家区域医疗中心和临床研究中心、建设一流医院奋进，努力为全省及周边地区人民提供健康保障!