首都儿科研究所附属儿童医院是三级甲等医院、爱婴医院、北京大学教学医院、规范化服务达标医院、首都平安示范医院。同时也是北京大学医学部博士、硕士学位研究生培养点，卫生部、北京市住院医师/专科医师培训基地。编制床位400张，设有21个临床科室、26个专业、6个临床研究室。住院部设有7个病区和层流病房及百、千级手术室。暂未开展人工授精、夫精人工授精技术、供精人工授精技术、常规体外受精-胚胎移植技术、卵胞浆内单精子显微注射技、植入前胚胎遗传学诊断技术等辅助生殖技术，也不能提丶精子库捐精、供精人工授精、卵子库供卵等助孕服务。

医院先后承担了50余项国家级、市级推广和示范继续教育项目，每年组织全国性儿童保健、哮喘防治、临床检验、微创技术等学习班及国际研讨会。制剂80余种，其中“清热散瘟口服液”入选北京市“十病十药”研发项目并获得政府奖励；“双金利咽颗粒”、“肤乐霜”因其疗效显著，首批入选“北京中医药传统小膏药重新工程”名录。