商都县医院是一所集医疗、预防、保健、急救为一体的综合性医院，占地面积1.7万平方米，建筑面积9315平方米，包括门急诊楼、医技楼、住院楼、传染病楼。医院设置床位200张，全年业务收入5467万元，门急诊量达7.9万人次。暂未开展人工授精、夫精人工授精技术、供精人工授精技术、常规体外受精-胚胎移植技术、卵胞浆内单精子显微注射技、植入前胚胎遗传学诊断技术等辅助生殖技术，也不能提丶精子库捐精、供精人工授精、卵子库供卵等助孕服务。

医院设有科室45个，职能科室有党支部办公室、办公室、人力资源科、医务科、护理部、财务科、经审科、总务科、后勤物业处、安保卫科、病案室、合管办、收费室、挂号室、洗衣房、感染科16个科室；临床科室有内科、外科、妇产科、儿科、骨科、急诊科、五官科、口腔科、皮肤科、肛肠科、中医科、麻醉科、理疗科、体检室、康复科、视光中心、术后监护室、重症监护室、泌尿科等19个科室；医技科室有放射科、检验科、CT室、B超室、心电图室、碎石科、胃镜室、病理科、药局、供应室10个科室。