阿拉善盟蒙医医院成立于1999年，由原阿拉善盟蒙医药研究所和阿拉善左旗蒙医院合并而成。2018年1月，医院顺利通过自治区三级医院评审专家组验收，成功跻身“三甲”，成为内蒙古自治区第6家三级甲等民族医医院，是阿拉善盟首家以蒙医药为主、蒙西医结合，集蒙医医疗、科研、教学、蒙药制剂为一体的三级甲等民族医医院，也是全盟蒙医药事业发展的龙头和蒙医药人才培养的重要基地。暂未开展人工授精、夫精人工授精技术、供精人工授精技术、常规体外受精-胚胎移植技术、卵胞浆内单精子显微注射技、植入前胚胎遗传学诊断技术等辅助生殖技术，也不能提丶精子库捐精、供精人工授精、卵子库供卵等助孕服务。

医院占地面积31000平方米，建筑面积30586.42平方米，设有23个蒙医临床科室、19个行政职能科室、9个医技科室以及6个病区，编制床位300张，运行床位207张，现有在岗职工330人，其中卫生专业技术人员247人。配备高中端医疗设备236台，包括螺旋CT、DR、四维彩超等大型医疗设备及蒙医特色诊疗设备。升级和启动了LIS、HIS、PACS、电子病历和临床路径系统，开通自助费用查询、门诊检验自助打印、门急诊就诊叫号、就诊“一卡通”等系统，实现了医院信息化建设网络全覆盖，提高了医院管理水平和整体服务能力。